El ex jugador del Real Valladolid Halilović jugó en la década de los 90 oficialmente para dos selecciones: Croacia (un partido) y Bosnia y Herzegovina (quince partidos).
Su único encuentro con Croacia lo disputó el 17 de agosto de 1994, un amistoso frente a Israel en Ramat Gan. Sin embargo, al año siguiente decidió jugar para Bosnia y Herzegovina, después de que la FIFA reconociera la oficialidad de esa selección. El debut con Bosnia tuvo lugar el 8 de octubre de 1996 frente a Croacia precisamente.
