Jonathan se formó en la cantera del Valladolid desempeñando el puesto de central, aunque tambien se puede desempeñar como lateral derecho. Este defensa nacido en 1981 empezó a contar para el primer equipo en la temporada 02/03 en la que disputó 16 encuentros consiguiendo un gol. Al año siguiente ya se hizo con la titularidad siendo el jefe de la zaga anotandose 31 encuentros y 2 goles. Pero el Valladolid descendió, aún así Jonathan decidió que quería continuar en el club de sus amores. El año siguiente en segunda fue duro, el defensor disputo 26 partidos y el Valladolid no consiguió ascender a pesar de que estaba hecho para eso. Jonathan decidió no renovar ya que el Málaga le quería en primera. Al final se truncó el fichaje y se quedó sin regreso a primera.
De esta forma empezó la temporada 05/06 con la Cultural Leonesa de segunda b para no perder la forma, hasta que en el mercado invernal le sedujo la oferta del Racing de Ferrol que luchaba por no descender a segunda b. La llegada de Jonathan hizo mejorar al Ferrol en defensa durante los 18 partidos que disputó nuestro crack, pero no fue suficiente para la permanencia. Al año siguiente en segunda b Jonathan fue uno de los jefes y disputó 31 partidos anotando 2 goles y consiguiendo el ascenso. El Racing volvía a la categoria de plata solo un año despues, pero para Jonathan fue un año duro ya que la competencia le dejó con solo 22 partidos, consiguiendo 3 tantos. Además el Ferrol volvió a descender.
De nuevo en segunda b Jonathan se transformó en unos de los capitanes del club y ese año disputó 29 partidos y consiguió 4 tantos, pero el esperado ascenso no llegó. La pasada campaña el Ferrol que siempre esta en la lucha de arriba (cuando juega en segunda b claro) descendió decepcionantemente a tercera, pero a Jonathan poco le podrán reprochar ya que de nuevo estubo a un gran nivel jugando 32 partidos y consiguiendo su mejor cifra goleadora: 5
Desde entonces Jonathan juega en el Guijuelo de segunda b, realizando muy buenas temporadas.
